Skorstenens placering og isolering har stor betydning for dens funktion, fordi funktionen afhænger af en hurtig opvarmning til en høj driftstemperatur, hvor skorstenstrækket er størst.
Indvendige skorstene er generelt bedre end udvendige med samme højde, fordi de har stuetemperatur på alle sider, hvor udvendige skorstene har udetemperatur på ydersiderne, og afkølingen derfor er større. Indvendige skorstene giver derfor generelt et bedre skorstenstræk, fordi de hurtigere bliver varme. Optændingen i brændeovnen sker derfor normalt hurtigere og nemmere.
I huse fra før 50’erne er skorstenen oftest placeret i midten af huset, fordi den placering giver den bedste varmeudnyttelse. I huse fra efter 50’erne ses murede skorstene ofte placeret udenpå huset, hvilket formentlig er sket ud fra arkitektoniske overvejelser om, hvor pejsen eller brændeovnen bedst placeres i stuen, uden at skorstenen optager plads inde i huset. Der ses også huse med lav rejsning, der har en pejs med en ganske kort skorsten, fordi den er placeret på siden af huset. Selvom skorstenen udmunder over tagryggen, er skorstenen ofte ikke lang nok til at give det nødvendige træk til pejsen. Det kan derfor være meget svært eller næsten umuligt, at anvende pejsen uden at få røg ud i stuen. Monteres en pejseindsats eller tilsluttes en brændeovn, kan forholdene blive forværret, fordi der grundlæggende er alt for lidt træk i den korte skorsten, og både pejseindsatse og brændeovne kræver højere skorsten end en pejs. Montering af en isolerende kerne og en forhøjelse af skorstenen kan ofte afhjælpe problemet.
Skorstenstrækket i alle uisolerede murede skorstene eller elementskorstene kan forbedres væsentligt ved isætning af en isolerende kerne.